O Maranhão se destacou negativamente por ter três escolas entre as cinco de menor nota do país: em São Domingos do Azeitão, Olinda Nova do Maranhão e Centro Novo do Maranhão.
De acordo com o MEC, apenas escolas com mais de 50% de participação e o mínimo de dez alunos foram consideradas, dando um total de 10.076 escolas. Entre as escolas maranhenses o melhor desempenho está nas unidades sediadas em São Luís. Das dez melhores, apenas duas não estão na capital.
O Centro Educacional Aquiles Lisboa de São Domingos do Azeitão, com média 383,71 obteve o pior desempenho do Enem. Logo a seguir está uma escola do Piauí e a terceira pior escola avaliada no Enem é o anexo 1 do Centro de Ensino José Maria de Araújo, em Olinda Nova do Maranhão, que obteve nota 393,52. A quinta pior colocação no país entre escolas públicas e privadas ficou com o Centro de Ensino Maria do Socorro Almeida Ribeiro, localizado em Centro Novo do Maranhão, com nota 394,55.